弾道ミサイルへの対処能力を本格化するため、さらなる能力向上を図った形態。変更の内容は、PAC-3弾の採用、RSの目標識別・捜索能力の向上、通信能力の向上などである。PAC-3形態は最初から完成された状態で配備された訳ではなく、PAC-3/Config.1とよばれる形態から始まり、現在米国で配備されている最新のPAC-3/Config.3形態へと至っている。対弾道ミサイルとして開発がほぼ終わっていたERINTミサイル（Extended Range Interceptor Missile）を既に発射機として実績があったパトリオットの発射システムに載せたのがパトリオットPAC-3である。PAC-3はそれまでに比べて細身で、今までは1発が入っていたミサイル・キャニスタに4発が格納できるようになった。